Phage research at MPI-TM
Max Planck researchers from Marburg are part of the DFG priority program "New concepts of virus-host interaction in prokaryotes"
Dr. Katharina Höfer and Prof. Gert Bange from the Max Planck Institute for Terrestrial Microbiology in Marburg are joint project partners in the new priority program (SPP) of the German Research Foundation (DFG). The aim of the program is to investigate the relationships between viruses (phages) and their bacterial hosts both at the single cell level and in the context of microbial communities using state-of-the-art methods.
As ubiquitous as bacteria are the viruses that infect them. The discovery of bacteriophages about 100 years ago was the key to understanding genetic information - until phage research was overshadowed by other discoveries.Today, phage research is more relevant than ever. It offers exciting new opportunities, whether as a therapy against bacterial diseases, or as a or as a control element in global substance cycles. This presumably high potential is counterbalanced by an enormous need for information on the exact molecular processes; however, today's molecular technologies offer completely new insights into the molecular processes of phage-bacteria interactions and provide partly revolutionary new findings that can also be applied to other cellular issues and further organisms.
Katharina Höfer's research focuses on ADP-ribosylation, a central enzymatic process in infection. Her approach is particularly exciting because the researcher recently came across a completely new form of cellular macromolecule that challenges our previous understanding of the architecture of molecular structures.
By characterizing the bacterial epitranscriptome - the modifications of genetic building blocks - the research team hopes to gain fundamental insights into phage biology. In doing so, they aim to create solid grounds for future medical applications. "Many researchers see the potential, but there are still few that are trying to understand the phage in detail," says Katharina Höfer. "If you know the blueprints as well as the principles of the modular system, you can create a highly specific phage in the test tube in the future. The special thing about this is that it acts faster and more targeted than any previous antibiotic."
While Katharina Höfer's group is investigating the interaction of phages and Gram-negative bacteria such as E.coli, her cooperation partner Gert Bange has focused his research on Gram-positive bacteria like Bacillus subtilis. He and his team want to know how the stress response of bacteria - especially to food deprivation - is affected by interaction with phages. "A phage demands a tremendous amount of extra energy from the host cell. How does the phage trick the bacterium's metabolic management? And how does the host cell's starvation response in turn influence the phage's molecular behavior? These are mechanisms that we would like to understand in principle," says Gert Bange. "There are extremely exciting mechanisms to discover beyond the classic model phages such as T4 or T7 - which is another reason why phage research is experiencing a renaissance. In addition, there is a new methodology to explore them," explains the Max Planck Fellow.
The DFG Priority Program "New Concepts in Prokaryotic Virus-host Interactions - From Single Cells to Microbial Communities" (SPP 2330) is to run for a total of six years. The goal of this priority program is to open new horizons and opportunities for the discovery of fundamentally new concepts and mechanisms in biology by focusing on three levels of complexity of viral organization: viral cell biology, novel single- and multicellular antiviral defense mechanisms, and viral effects on microbial communities. The total of 14 new collaborations will receive a total of approximately 85 million euros for an initial three years.
Im Zentrum von Katharina Höfers Forschungsarbeiten steht die ADP-Ribosylierung, ein im Infektionsgeschehen zentraler enzymatischer Vorgang. Besonders spannend ist ihr Ansatz vor allem deswegen, weil die Forscherin kürzlich auf einer ganz neue Form zelluärer Makromoleküle stieß, die unser bisheriges Verständnis der Architektur von Molekülstrukturen auf den Kopf stellen.
Über die Charakterisierung des bakteriellen Epitranskriptoms – den Modifikationen der genetischen Bausteine - erhofft sich das Forscherteam grundlegende Einblicke in die Phagenbiologie. Damit möchten sie solide Bedingungen dafür schaffen, medizinische Anwendungen zu entwickeln. „Viele sehen das Potential, aber es gibt noch wenig Forschende, die den Phagen versuchen bis ins Detail zu verstehen“, so Katharina Höfer. „Wenn man die die Baupläne sowie die Prinzipien des Baukastensystems kennt, kann man in Zukunft einen hochspezifischen Phagen im Reagenzglas erzeugen. Das Besondere: dieser wirkt schneller und zielgerichteter als jedes bisherige Antibiotikum.“
Während Katharina Höfers Gruppe die Interaktion von Phagen und gramnegativen Bakterien wie E.coli untersucht, haben ihr Kooperationspartner Gert Bange und seinTeam Bacillus subtilis im Visier, ein grampositives Bakterium. Und was ist für ihn an der Phagenforschung besonders interessant? „Es gibt jenseits der klassischen Modell-Phagen wie T4 oder T7 extrem spannende Mechanismen zu entdecken – auch deshalb erlebt die Phagenforschung eine Renaissance. Dazu kommt eine neue Methodik, um diese zu erforschen,“ erklärt der Max-Planck-Fellow. Er und sein Team wollen wissen, wie die Stressantwort der Bakterien – insbesondere auf Nahrungsmangel – durch die Interaktion mit Phagen beeinflusst wird.
„Ein Phage fordert von der Wirtszelle einen enormen Mehrbedarf an Energie. Wie trickst der Phage das Stoffwechselmanagement der Bakterie aus? Und wie beeinflusst die Hungerrektion der Wirtszelle wiederum das molekulare Verhalten des Phagen? Das sind Mechanismen, die wir grundsätzlich verstehen wollen“, sagt Gert Bange.
Das Schwerpunktprogramm der DFG Priority Programm “New Concepts in Prokaryotic Virus-host Interactions – From Single Cells to Microbial Communities” (SPP 2330) soll eine Laufzeit von insgesamt sechs Jahren haben. Ziel dieses Schwerpunktprogramms ist es, neue Horizonte und Möglichkeiten für die Entdeckung grundlegend neuer Konzepte und Mechanismen in der Biologie zu eröffnen, indem der Schwerpunkt auf drei Komplexitätsebenen der viralen Organisation gelegt wird: virale Zellbiologie, neue ein- und mehrzellige antivirale Abwehrmechanismen und virale Auswirkungen auf mikrobielle Gemeinschaften. Die insgesamt 14 neuen Verbünde erhalten für zunächst drei Jahre insgesamt rund 85 Millionen Euro.
