Das Ziel des Max-Planck-Instituts (MPI) für terrestrische Mikrobiologie ist zu verstehen, wie Mikroorganismen auf der molekularen und zellulären Ebene sowie in Lebensgemeinschaften funktionieren. Um dieses Ziel zu erreichen, müssen die Mechanismen untersucht werden, die der metabolischen Vielfalt der Mikroorganismen zugrunde liegen; außerdem die Fähigkeit der Mikroorganismen zur Adaption und Differenzierung als Antwort auf Umweltänderungen, die Regulationsmechanismen für den Zellzyklus und die Zellpolarität, sowie die biogeochemischen Prozesse beim Austausch klimarelevanter Spurengase. Diese Analysen beinhalten alle Ebenen der mikrobiellen Funktionen von der atomar-strukturellen Ebene, der molekularen/zellulären Ebene und der Biochemie/Physiologie bis zur Ebene der natürlichen mikrobiellen Lebensgemeinschaften sowie der Pflanzen-Mikroben-Wechselwirkungen.

Forschungsthemen, die am MPI behandelt werden:
Cellular microbiology
Molecular microbiology
Microbial biochemistry
Biogeochemistry
Microbial ecology
Environmental genomics
Microbial symbiosis
Fungal biodiversity 
Pathogen evolution 
Plant-microbe interactions
Plant pathogens
Synthetic biology 
Systems biology [more]